Table 3 Associations of imputed HLA alleles with SLE compared with RA

HLA alleles

count

%

count

%

p value

OR

lower

upper

DQA1*01:02

877

20.0

655

15.7

1.28E-07

1.35

1.21

1.51

DQA1*01:03

516

11.8

365

8.7

3.13E-06

1.40

1.21

1.61

DQA1*03:01

252

5.8

342

8.2

1.07E-05

0.69

0.58

0.81

DQA1*03:02

662

15.1

736

17.5

1.99E-03

0.83

0.74

0.94

DQA1*03:03

300

6.9

598

14.3

2.84E-29

0.44

0.38

0.51

DQA1*05:01

420

9.6

181

4.3

1.48E-21

2.35

1.96

2.81

DQA1*05:05

437

10.0

401

9.6

5.36E-01

1.05

0.91

1.21

DQA1*06:01

312

7.3

387

9.3

3.35E-04

0.75

0.64

0.88

DQB1*02:01

414

9.5

178

4.3

2.44E-21

2.35

1.96

2.82

DQB1*03:01

833

19.0

858

20.6

8.55E-02

0.91

0.82

1.01

DQB1*03:02

243

5.6

321

7.7

7.61E-05

0.71

0.6

0.84

DQB1*03:03

684

15.6

763

18.2

1.26E-03

0.83

0.74

0.93

DQB1*04:01

268

6.1

554

13.2

5.20E-29

0.43

0.37

0.5

DQB1*05:02

515

11.7

431

10.3

3.10E-02

1.16

1.01

1.33

DQB1*06:01

647

14.8

468

11.2

7.90E-07

1.38

1.21

1.56

DQB1*06:02

248

5.7

167

4.0

3.14E-04

1.44

1.18

1.77

DRB1*03:01

415

9.5

179

4.3

2.87E-21

2.34

1.96

2.81

DRB1*04:05

287

6.6

607

14.4

2.51E-33

0.41

0.36

0.48

DRB1*08:03

484

11.1

336

8.0

2.00E-06

1.42

1.23

1.65

DRB1*09:01

665

15.2

750

17.8

6.55E-04

0.82

0.73

0.92

DRB1*11:01

291

6.6

296

7.1

4.34E-01

0.94

0.79

1.11

DRB1*12:02

321

7.3

387

9.3

1.28E-03

0.78

0.67

0.91

DRB1*15:01

476

10.9

341

8.2

1.82E-05

1.37

1.19

1.59

DRB1*16:02

310

7.1

246

5.9

2.42E-02

1.22

1.03

1.45