Comparison of cancer subtype identification methods combined with feature selection methods in omics data analysis

Table 6 Adjusted Rand Index (ARI) and Normalized Mutual Information (NMI) for the BIC dataset

FS			Subtyping Identification Methods
FS			CC	PINS	NMF	ICB	SNF	NEMO
w/o FS		ARI	0.26	0.26	0.01	0.29	0.26	0.26
w/o FS		NMI	0.30	0.30	8.5E-04	0.39	0.36	0.35
MED	500	ARI	0.19	0.07	0.31	0.19	0.08	0.17
	500	NMI	0.27	0.05	0.24	0.27	0.05	0.25
	2000	ARI	0.23	0.05	0.26	0.25	0.22	0.19
	2000	NMI	0.27	0.02	0.30	0.34	0.31	0.27
VAR	500	ARI	0.23	0.32	0.40	0.25	0.26	0.26
	500	NMI	0.32	0.23	0.30	0.34	0.37	0.33
	2000	ARI	0.30	0.32	0.45	0.30	0.26	0.21
	2000	NMI	0.33	0.23	0.34	0.38	0.37	0.32
MAD	500	ARI	0.24	0.26	0.40	0.26	0.24	0.24
	500	NMI	0.32	0.32	0.29	0.33	0.34	0.33
	2000	ARI	0.27	0.26	0.37	0.26	0.22	0.20
	2000	NMI	0.31	0.30	0.26	0.33	0.31	0.29
DIP	500	ARI	0.37	0.33	0.38	0.24	0.18	0.27
	500	NMI	0.30	0.24	0.33	0.33	0.16	0.35
	2000	ARI	0.27	0.37	0.39	0.23	0.24	0.28
	2000	NMI	0.33	0.31	0.33	0.35	0.21	0.37
mRMR	500	ARI	0.29	0.42	0.41	0.27	0.29	0.28
	500	NMI	0.32	0.32	0.28	0.34	0.36	0.36
	2000	ARI	0.26	0.43	0.42	0.23	0.30	0.27
	2000	NMI	0.30	0.31	0.29	0.31	0.37	0.35
MCFS	500	ARI	0.28	0.45	0.41	0.22	0.30	0.30
	500	NMI	0.32	0.34	0.28	0.31	0.37	0.36
	2000	ARI	0.004	0.43	0.41	0.003	0.29	0.24
	2000	NMI	0.01	0.31	0.27	0.01	0.36	0.33

ISSN: 1756-0381