TY - JOUR AU - Bejerano, G. AU - Pheasant, M. AU - Makunin, I. AU - Stephen, S. AU - Kent, W. J. AU - Mattick, J. S. AU - Haussler, D. PY - 2004 DA - 2004// TI - Ultraconserved elements in the human genome JO - Science VL - 304 UR - https://doi.org/10.1126/science.1098119 DO - 10.1126/science.1098119 ID - Bejerano2004 ER - TY - JOUR AU - Cooper, G. M. AU - Stone, E. A. AU - Asimenos, G. AU - Green, E. D. AU - Batzoglou, S. AU - Sidow, A. PY - 2005 DA - 2005// TI - Distribution and intensity of constraint in mammalian genomic sequence JO - Genome Res VL - 15 UR - https://doi.org/10.1101/gr.3577405 DO - 10.1101/gr.3577405 ID - Cooper2005 ER - TY - JOUR AU - Margulies, E. H. AU - Blanchette, M. AU - Haussler, D. AU - Green, E. D. PY - 2003 DA - 2003// TI - Identification and characterization of multi-species conserved sequences JO - Genome Res VL - 13 UR - https://doi.org/10.1101/gr.1602203 DO - 10.1101/gr.1602203 ID - Margulies2003 ER - TY - JOUR AU - Consortium, E. P. PY - 2012 DA - 2012// TI - An integrated encyclopedia of dna elements in the human genome JO - Nature VL - 489 UR - https://doi.org/10.1038/nature11247 DO - 10.1038/nature11247 ID - Consortium2012 ER - TY - JOUR AU - Pellegrini, M. AU - Marcotte, E. M. AU - Thompson, M. J. AU - Eisenberg, D. AU - Yeates, T. O. PY - 1999 DA - 1999// TI - Assigning protein functions by comparative genome analysis: protein phylogenetic profiles JO - Proc Natl Acad Sci VL - 96 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.96.8.4285 DO - 10.1073/pnas.96.8.4285 ID - Pellegrini1999 ER - TY - JOUR AU - de Juan, D. AU - Pazos, F. AU - Valencia, A. PY - 2013 DA - 2013// TI - Emerging methods in protein co-evolution JO - Nat Rev Genet VL - 14 UR - https://doi.org/10.1038/nrg3414 DO - 10.1038/nrg3414 ID - de Juan2013 ER - TY - JOUR AU - Ochoa, D. AU - Pazos, F. PY - 2014 DA - 2014// TI - Practical aspects of protein co-evolution JO - Frontiers Cell Dev Biol VL - 2 UR - https://doi.org/10.3389/fcell.2014.00014 DO - 10.3389/fcell.2014.00014 ID - Ochoa2014 ER - TY - JOUR AU - Bowers, P. M. AU - Pellegrini, M. AU - Thompson, M. J. AU - Fierro, J. AU - Yeates, T. O. AU - Eisenberg, D. PY - 2004 DA - 2004// TI - Prolinks: a database of protein functional linkages derived from coevolution JO - Genome Biol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2004-5-5-r35 DO - 10.1186/gb-2004-5-5-r35 ID - Bowers2004 ER - TY - JOUR AU - Tillier, E. R. AU - Charlebois, R. L. PY - 2009 DA - 2009// TI - The human protein coevolution network JO - Genome Res VL - 19 UR - https://doi.org/10.1101/gr.092452.109 DO - 10.1101/gr.092452.109 ID - Tillier2009 ER - TY - JOUR AU - Woolfe, A. AU - Goodson, M. AU - Goode, D. K. AU - Snell, P. AU - McEwen, G. K. AU - Vavouri, T. AU - Smith, S. F. AU - North, P. AU - Callaway, H. AU - Kelly, K. PY - 2004 DA - 2004// TI - Highly conserved non-coding sequences are associated with vertebrate development JO - PLoS Biol VL - 3 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pbio.0030007 DO - 10.1371/journal.pbio.0030007 ID - Woolfe2004 ER - TY - JOUR AU - Fryxell, K. J. PY - 1996 DA - 1996// TI - The coevolution of gene family trees JO - Trends Genet VL - 12 UR - https://doi.org/10.1016/S0168-9525(96)80020-5 DO - 10.1016/S0168-9525(96)80020-5 ID - Fryxell1996 ER - TY - JOUR AU - Camacho, C. AU - Coulouris, G. AU - Avagyan, V. AU - Ma, N. AU - Papadopoulos, J. AU - Bealer, K. AU - Madden, T. L. PY - 2009 DA - 2009// TI - Blast+: architecture and applications JO - BMC Bioinformatics VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-10-421 DO - 10.1186/1471-2105-10-421 ID - Camacho2009 ER - TY - JOUR AU - Jothi, R. AU - Cherukuri, P. F. AU - Tasneem, A. AU - Przytycka, T. M. PY - 2006 DA - 2006// TI - Co-evolutionary analysis of domains in interacting proteins reveals insights into domain–domain interactions mediating protein–protein interactions JO - J Mol Biol VL - 362 UR - https://doi.org/10.1016/j.jmb.2006.07.072 DO - 10.1016/j.jmb.2006.07.072 ID - Jothi2006 ER - TY - JOUR AU - Kim, Y. AU - Koyutürk, M. AU - Topkara, U. AU - Grama, A. AU - Subramaniam, S. PY - 2006 DA - 2006// TI - Inferring functional information from domain co-evolution JO - Bioinformatics VL - 22 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti723 DO - 10.1093/bioinformatics/bti723 ID - Kim2006 ER - TY - JOUR AU - Yeang, C. -. H. AU - Haussler, D. PY - 2007 DA - 2007// TI - Detecting coevolution in and among protein domains JO - PLoS Comput Biol VL - 3 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.0030211 DO - 10.1371/journal.pcbi.0030211 ID - Yeang2007 ER - TY - JOUR AU - Pazos, F. AU - Valencia, A. PY - 2001 DA - 2001// TI - Similarity of phylogenetic trees as indicator of protein–protein interaction JO - Protein Eng VL - 14 UR - https://doi.org/10.1093/protein/14.9.609 DO - 10.1093/protein/14.9.609 ID - Pazos2001 ER - TY - JOUR AU - Date, S. V. AU - Marcotte, E. M. PY - 2003 DA - 2003// TI - Discovery of uncharacterized cellular systems by genome-wide analysis of functional linkages JO - Nat Biotechnol VL - 21 UR - https://doi.org/10.1038/nbt861 DO - 10.1038/nbt861 ID - Date2003 ER - TY - JOUR AU - Korber, B. AU - Farber, R. M. AU - Wolpert, D. H. AU - Lapedes, A. S. PY - 1993 DA - 1993// TI - Covariation of mutations in the v3 loop of human immunodeficiency virus type 1 envelope protein: an information theoretic analysis JO - Proc Natl Acad Sci VL - 90 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.90.15.7176 DO - 10.1073/pnas.90.15.7176 ID - Korber1993 ER - TY - JOUR AU - Martin, L. AU - Gloor, G. B. AU - Dunn, S. AU - Wahl, L. M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Using information theory to search for co-evolving residues in proteins JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti671 DO - 10.1093/bioinformatics/bti671 ID - Martin2005 ER - TY - JOUR AU - Pazos, F. AU - Ranea, J. A. AU - Juan, D. AU - Sternberg, M. J. PY - 2005 DA - 2005// TI - Assessing protein co-evolution in the context of the tree of life assists in the prediction of the interactome JO - J Mol Biol VL - 352 UR - https://doi.org/10.1016/j.jmb.2005.07.005 DO - 10.1016/j.jmb.2005.07.005 ID - Pazos2005 ER - TY - JOUR AU - Rodionov, A. AU - Bezginov, A. AU - Rose, J. AU - Tillier, E. R. PY - 2011 DA - 2011// TI - A new fast algorithm for detecting protein coevolution using maximum compatible cliques JO - Algoritm Mol Biol VL - 6 UR - https://doi.org/10.1186/1748-7188-6-17 DO - 10.1186/1748-7188-6-17 ID - Rodionov2011 ER - TY - JOUR AU - Yang, S. AU - Yalamanchili, H. K. AU - Li, X. AU - Yao, K. -. M. AU - Sham, P. C. AU - Zhang, M. Q. AU - Wang, J. PY - 2011 DA - 2011// TI - Correlated evolution of transcription factors and their binding sites JO - Bioinformatics VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr503 DO - 10.1093/bioinformatics/btr503 ID - Yang2011 ER - TY - JOUR AU - Barbash, S. AU - Shifman, S. AU - Soreq, H. PY - 2014 DA - 2014// TI - Global coevolution of human micrornas and their target genes JO - Mol Biol Evol VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msu090 DO - 10.1093/molbev/msu090 ID - Barbash2014 ER - TY - JOUR AU - Marks, D. S. AU - Hopf, T. A. AU - Sander, C. PY - 2012 DA - 2012// TI - Protein structure prediction from sequence variation JO - Nat Biotechnol VL - 30 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.2419 DO - 10.1038/nbt.2419 ID - Marks2012 ER - TY - JOUR AU - Hopf, T. A. AU - Schärfe, C. P. AU - Rodrigues, J. P. AU - Green, A. G. AU - Kohlbacher, O. AU - Sander, C. AU - Bonvin, A. M. AU - Marks, D. S. PY - 2014 DA - 2014// TI - Sequence co-evolution gives 3d contacts and structures of protein complexes JO - Elife VL - 3 UR - https://doi.org/10.7554/eLife.03430 DO - 10.7554/eLife.03430 ID - Hopf2014 ER - TY - JOUR AU - Skwark, M. J. AU - Croucher, N. J. AU - Puranen, S. AU - Chewapreecha, C. AU - Pesonen, M. AU - Xu, Y. Y. AU - Turner, P. AU - Harris, S. R. AU - Beres, S. B. AU - Musser, J. M. PY - 2017 DA - 2017// TI - Interacting networks of resistance, virulence and core machinery genes identified by genome-wide epistasis analysis JO - PLoS Genet VL - 13 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1006508 DO - 10.1371/journal.pgen.1006508 ID - Skwark2017 ER - TY - JOUR AU - Schubert, B. AU - Maddamsetti, R. AU - Nyman, J. AU - Farhat, M. R. AU - Marks, D. S. PY - 2019 DA - 2019// TI - Genome-wide discovery of epistatic loci affecting antibiotic resistance in neisseria gonorrhoeae using evolutionary couplings JO - Nat Microbiol VL - 4 UR - https://doi.org/10.1038/s41564-018-0309-1 DO - 10.1038/s41564-018-0309-1 ID - Schubert2019 ER - TY - JOUR AU - Škunca, N. AU - Dessimoz, C. PY - 2015 DA - 2015// TI - Phylogenetic profiling: how much input data is enough? JO - PloS ONE VL - 10 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0114701 DO - 10.1371/journal.pone.0114701 ID - Škunca2015 ER - TY - JOUR AU - Herman, D. AU - Ochoa, D. AU - Juan, D. AU - Lopez, D. AU - Valencia, A. AU - Pazos, F. PY - 2011 DA - 2011// TI - Selection of organisms for the co-evolution-based study of protein interactions JO - BMC Bioinformatics VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-12-363 DO - 10.1186/1471-2105-12-363 ID - Herman2011 ER - TY - JOUR AU - Consortium, G. PY - 2015 DA - 2015// TI - The genotype-tissue expression (gtex) pilot analysis: Multitissue gene regulation in humans JO - Science VL - 348 UR - https://doi.org/10.1126/science.1262110 DO - 10.1126/science.1262110 ID - Consortium2015 ER - TY - JOUR AU - Shabalin, A. A. PY - 2012 DA - 2012// TI - Matrix eqtl: ultra fast eqtl analysis via large matrix operations JO - Bioinformatics VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts163 DO - 10.1093/bioinformatics/bts163 ID - Shabalin2012 ER - TY - JOUR AU - Ongen, H. AU - Buil, A. AU - Brown, A. A. AU - Dermitzakis, E. T. AU - Delaneau, O. PY - 2015 DA - 2015// TI - Fast and efficient qtl mapper for thousands of molecular phenotypes JO - Bioinformatics VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btv722 DO - 10.1093/bioinformatics/btv722 ID - Ongen2015 ER - TY - STD TI - Database of Single Nucleotide Polymorphisms (dbSNP). Bethesda (MD): National Center for Biotechnology Information, National Library of Medicine. (dbSNP Build ID: 146). Available from: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/. Accessed: 12 May 2016. UR - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/ ID - ref33 ER - TY - JOUR AU - Pollard, K. S. AU - Hubisz, M. J. AU - Rosenbloom, K. R. AU - Siepel, A. PY - 2010 DA - 2010// TI - Detection of nonneutral substitution rates on mammalian phylogenies JO - Genome Res VL - 20 UR - https://doi.org/10.1101/gr.097857.109 DO - 10.1101/gr.097857.109 ID - Pollard2010 ER - TY - JOUR AU - Rosenbloom, K. R. AU - Armstrong, J. AU - Barber, G. P. AU - Casper, J. AU - Clawson, H. AU - Diekhans, M. AU - Dreszer, T. R. AU - Fujita, P. A. AU - Guruvadoo, L. AU - Haeussler, M. PY - 2015 DA - 2015// TI - The ucsc genome browser database: 2015 update JO - Nucleic Acids Res VL - 43 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gku1177 DO - 10.1093/nar/gku1177 ID - Rosenbloom2015 ER - TY - JOUR AU - Flicek, P. AU - Amode, M. R. AU - Barrell, D. AU - Beal, K. AU - Billis, K. AU - Brent, S. AU - Carvalho-Silva, D. AU - Clapham, P. AU - Coates, G. AU - Fitzgerald, S. PY - 2013 DA - 2013// TI - Ensembl 2014 JO - Nucleic Acids Res VL - 42 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkt1196 DO - 10.1093/nar/gkt1196 ID - Flicek2013 ER - TY - JOUR AU - Kirsten, H. AU - Al-Hasani, H. AU - Holdt, L. AU - Gross, A. AU - Beutner, F. AU - Krohn, K. AU - Horn, K. AU - Ahnert, P. AU - Burkhardt, R. AU - Reiche, K. PY - 2015 DA - 2015// TI - Dissecting the genetics of the human transcriptome identifies novel trait-related trans-eqtls and corroborates the regulatory relevance of non-protein coding loci JO - Hum Mol Genet VL - 24 UR - https://doi.org/10.1093/hmg/ddv194 DO - 10.1093/hmg/ddv194 ID - Kirsten2015 ER - TY - JOUR AU - Siepel, A. AU - Bejerano, G. AU - Pedersen, J. S. AU - Hinrichs, A. S. AU - Hou, M. AU - Rosenbloom, K. AU - Clawson, H. AU - Spieth, J. AU - Hillier, L. W. AU - Richards, S. PY - 2005 DA - 2005// TI - Evolutionarily conserved elements in vertebrate, insect, worm, and yeast genomes JO - Genome Res VL - 15 UR - https://doi.org/10.1101/gr.3715005 DO - 10.1101/gr.3715005 ID - Siepel2005 ER - TY - JOUR AU - Davydov, E. V. AU - Goode, D. L. AU - Sirota, M. AU - Cooper, G. M. AU - Sidow, A. AU - Batzoglou, S. PY - 2010 DA - 2010// TI - Identifying a high fraction of the human genome to be under selective constraint using gerp++ JO - PLoS Comput Biol VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1001025 DO - 10.1371/journal.pcbi.1001025 ID - Davydov2010 ER -