Skip to main content

Table 2 Discovery and replication results for models passing replication thresholds for each lipid trait for main effect filter analysis

From: Discovery and replication of SNP-SNP interactions for quantitative lipid traits in over 60,000 individuals

 

Disc. Rank

SNP 1

SNP 2

Locus 1

Locus 2

Beta

LRT p

Rep. Beta

Rep. LRT p

Rep. Cohorta

HDL

1

rs12720918

rs4783961

CETP

CETP

−0.06

9.5 × 10−20

−0.07

3.0 × 10−12

P,W,L

2

rs12720918

rs158477

CETP

CETP

−0.06

6.3 × 10−16

−0.07

2.9 × 10−10

P,W,L

3

rs1864163

rs4783961

CETP

CETP

−0.06

4.5 × 10−15

−0.05

7.1 × 10−7

P,W,B

5

rs1864163

rs158477

CETP

CETP

−0.06

1.3 × 10−12

−0.05

2.3 × 10−8

P

6

rs12708967

rs820299

CETP

CETP

0.06

1.0 × 10−11

0.06

1.6 × 10−6

P,W,L

7

rs1864163

rs4784744

CETP

CETP

0.05

2.6 × 10−11

0.06

5.2 × 10−11

P,W

8

rs1800775

rs4783961

CETP

CETP

0.04

6.3 × 10−11

−0.08

2.4 × 10−7

B

9

rs12708967

rs158477

CETP

CETP

−0.05

2.5 × 10−10

−0.06

1.1 × 10−6

P,W,L

10

rs9939224

rs4783961

CETP

CETP

−0.05

2.5 × 10−10

−0.04

2.4 × 10−7

W,B

12

rs1800775

rs158477

CETP

CETP

0.04

1.8 × 10−8

0.07

2.5 × 10−6

B

13

rs9939224

rs478474

CETP

CETP

0.04

5.4 × 10−7

0.07

2.4 × 10−10

P

17

rs1800775

rs4784744

CETP

CETP

−0.03

1.8 × 10−6

−0.05

9.7 × 10−7

W

18

rs9939224

rs12447924

CETP

CETP

0.05

1.8 × 10−6

0.06

5.3 × 10−7

P

38

rs7013777

rs9644636

LPL

LPL

−0.03

8.0 × 10−5

−0.04

7.5 × 10−6

W

50

rs820299

rs8056954

CETP

SLC12A3

0.03

1.8 × 10−4

0.06

1.5 × 10−5

W

66

rs12708967

rs4784744

CETP

CETP

0.03

3.0 × 10−4

0.05

2.4 × 10−5

P

133

rs6586891

rs285

LPL

LPL

−0.02

7.9 × 10−4

−0.04

2.9 × 10−5

P

LDL

7

rs1531517

rs519113

BCL3

PVRL2

−0.16

7.9 × 10−6

−0.2

5.2 × 10−6

P,B

70

rs4803766

rs157580

PVRL2

TOMM40

−0.06

3.4 × 10−4

−0.11

4.8 × 10−7

P,B

TC

33

rs11216129

rs10750097

BUD13

APOA5

−0.12

1.3 × 10−4

−0.22

1.4 × 10−5

W

TG

1

rs4938303

rs180327

BUD13

BUD13

0.09

1.2 × 10−21

0.08

9.5 × 10−7

P,W

2

rs2075295

rs6589568

BUD13

APOA4

−0.10

4.4 × 10−19

−0.15

3.5 × 10−15

P,W

3

rs180327

rs10750097

BUD13

APOA5

0.08

3.1 × 10−14

0.31

6.8 × 10−9

W,B

4

rs180327

rs2075295

BUD13

BUD13

0.07

8.9 × 10−13

0.07

1.5 × 10−5

P

5

rs180327

rs6589568

BUD13

APOA4

0.07

2.7 × 10−10

0.08

5.6 × 10−6

W

6

rs11216129

rs10750097

BUD13

APOA5

−0.12

2.1 × 10−9

−0.12

2.6 × 10−7

W,P

13

rs180327

rs618923

BUD13

ZPR1

−0.08

3.7 × 10−7

−0.08

1.0 × 10−5

W

15

rs2075295

rs1263173

BUD13

APOA4

−0.08

2.1 × 10−7

−0.08

3.5 × 10−6

W

19

rs486394

rs4938303

BUD13

BUD13

0.07

2.1 × 10−6

0.07

2.9 × 10−5

P

49

rs2075295

rs10047459

BUD13

APOA1

−0.11

2.1 × 10−5

−0.11

6.9 × 10−8

W

153

rs2075295

rs10750097

BUD13

APOA5

−0.09

2.1 × 10−4

−0.09

2.9 × 10−6

W

  1. LRT likelihood ratio test. aSee Table 1 for details on cohorts