Skip to main content

Table 2 Discovery and replication results for models passing replication thresholds for each lipid trait for main effect filter analysis

From: Discovery and replication of SNP-SNP interactions for quantitative lipid traits in over 60,000 individuals

  Disc. Rank SNP 1 SNP 2 Locus 1 Locus 2 Beta LRT p Rep. Beta Rep. LRT p Rep. Cohorta
HDL 1 rs12720918 rs4783961 CETP CETP −0.06 9.5 × 10−20 −0.07 3.0 × 10−12 P,W,L
2 rs12720918 rs158477 CETP CETP −0.06 6.3 × 10−16 −0.07 2.9 × 10−10 P,W,L
3 rs1864163 rs4783961 CETP CETP −0.06 4.5 × 10−15 −0.05 7.1 × 10−7 P,W,B
5 rs1864163 rs158477 CETP CETP −0.06 1.3 × 10−12 −0.05 2.3 × 10−8 P
6 rs12708967 rs820299 CETP CETP 0.06 1.0 × 10−11 0.06 1.6 × 10−6 P,W,L
7 rs1864163 rs4784744 CETP CETP 0.05 2.6 × 10−11 0.06 5.2 × 10−11 P,W
8 rs1800775 rs4783961 CETP CETP 0.04 6.3 × 10−11 −0.08 2.4 × 10−7 B
9 rs12708967 rs158477 CETP CETP −0.05 2.5 × 10−10 −0.06 1.1 × 10−6 P,W,L
10 rs9939224 rs4783961 CETP CETP −0.05 2.5 × 10−10 −0.04 2.4 × 10−7 W,B
12 rs1800775 rs158477 CETP CETP 0.04 1.8 × 10−8 0.07 2.5 × 10−6 B
13 rs9939224 rs478474 CETP CETP 0.04 5.4 × 10−7 0.07 2.4 × 10−10 P
17 rs1800775 rs4784744 CETP CETP −0.03 1.8 × 10−6 −0.05 9.7 × 10−7 W
18 rs9939224 rs12447924 CETP CETP 0.05 1.8 × 10−6 0.06 5.3 × 10−7 P
38 rs7013777 rs9644636 LPL LPL −0.03 8.0 × 10−5 −0.04 7.5 × 10−6 W
50 rs820299 rs8056954 CETP SLC12A3 0.03 1.8 × 10−4 0.06 1.5 × 10−5 W
66 rs12708967 rs4784744 CETP CETP 0.03 3.0 × 10−4 0.05 2.4 × 10−5 P
133 rs6586891 rs285 LPL LPL −0.02 7.9 × 10−4 −0.04 2.9 × 10−5 P
LDL 7 rs1531517 rs519113 BCL3 PVRL2 −0.16 7.9 × 10−6 −0.2 5.2 × 10−6 P,B
70 rs4803766 rs157580 PVRL2 TOMM40 −0.06 3.4 × 10−4 −0.11 4.8 × 10−7 P,B
TC 33 rs11216129 rs10750097 BUD13 APOA5 −0.12 1.3 × 10−4 −0.22 1.4 × 10−5 W
TG 1 rs4938303 rs180327 BUD13 BUD13 0.09 1.2 × 10−21 0.08 9.5 × 10−7 P,W
2 rs2075295 rs6589568 BUD13 APOA4 −0.10 4.4 × 10−19 −0.15 3.5 × 10−15 P,W
3 rs180327 rs10750097 BUD13 APOA5 0.08 3.1 × 10−14 0.31 6.8 × 10−9 W,B
4 rs180327 rs2075295 BUD13 BUD13 0.07 8.9 × 10−13 0.07 1.5 × 10−5 P
5 rs180327 rs6589568 BUD13 APOA4 0.07 2.7 × 10−10 0.08 5.6 × 10−6 W
6 rs11216129 rs10750097 BUD13 APOA5 −0.12 2.1 × 10−9 −0.12 2.6 × 10−7 W,P
13 rs180327 rs618923 BUD13 ZPR1 −0.08 3.7 × 10−7 −0.08 1.0 × 10−5 W
15 rs2075295 rs1263173 BUD13 APOA4 −0.08 2.1 × 10−7 −0.08 3.5 × 10−6 W
19 rs486394 rs4938303 BUD13 BUD13 0.07 2.1 × 10−6 0.07 2.9 × 10−5 P
49 rs2075295 rs10047459 BUD13 APOA1 −0.11 2.1 × 10−5 −0.11 6.9 × 10−8 W
153 rs2075295 rs10750097 BUD13 APOA5 −0.09 2.1 × 10−4 −0.09 2.9 × 10−6 W
  1. LRT likelihood ratio test. aSee Table 1 for details on cohorts