Skip to main content

Table 2 Area under PR-Curves (the higher the better) for 9 methods on 4 datasets with 3 levels of increasing data-distortion

From: Study of Meta-analysis strategies for network inference using information-theoretic approaches

MRNET D1 D2 D3 N1 N2 N3 M1 M2 M3
S1 Level 1 0.082 0.116 0.107 0.052 0.138 0.124 0.141 0.137 0.121
  Level 2 0.078 0.110 0.101 0.051 0.119 0.116 0.120 0.117 0.102
  Level 3 0.088 0.099 0.096 0.050 0.116 0.114 0.120 0.112 0.105
S2 Level 1 0.013 0.016 0.016 0.023 0.034 0.026 0.046 0.043 0.026
  Level 2 0.013 0.016 0.016 0.024 0.023 0.021 0.026 0.025 0.019
  Level 3 0.014 0.016 0.016 0.024 0.024 0.021 0.027 0.025 0.020
G1 Level 1 0.051 0.099 0.122 0.051 0.125 0.129 0.156 0.142 0.131
  Level 2 0.037 0.087 0.108 0.049 0.108 0.115 0.138 0.122 0.116
  Level 3 0.039 0.077 0.101 0.048 0.104 0.113 0.133 0.115 0.111
G2 Level 1 0.028 0.050 0.073 0.029 0.106 0.097 0.131 0.126 0.097
  Level 2 0.023 0.046 0.066 0.028 0.089 0.084 0.116 0.111 0.085
  Level 3 0.029 0.044 0.066 0.028 0.088 0.085 0.113 0.111 0.087
Mean 0.041 0.065 0.074 0.038 0.090 0.087 0.106 0.099 0.085
p -value .00195 .00195 .00195 .00195 .00195 .00195   .00195 .00195
ARACNE  
S1 Level 1 0.032 0.043 0.042 0.045 0.101 0.030 0.063 0.055 0.051
  Level 2 0.034 0.042 0.040 0.036 0.080 0.022 0.045 0.046 0.039
  Level 3 0.038 0.039 0.038 0.038 0.083 0.023 0.049 0.049 0.047
S2 Level 1 0.005 0.005 0.006 0.017 0.020 0.006 0.025 0.022 0.013
  Level 2 0.005 0.005 0.005 0.015 0.015 0.005 0.014 0.013 0.009
  Level 3 0.005 0.005 0.005 0.015 0.015 0.005 0.013 0.012 0.008
G1 Level 1 0.030 0.061 0.083 0.126 0.119 0.075 0.131 0.116 0.102
  Level 2 0.022 0.054 0.071 0.102 0.092 0.056 0.105 0.090 0.087
  Level 3 0.025 0.047 0.068 0.105 0.096 0.058 0.109 0.096 0.086
G2 Level 1 0.013 0.028 0.048 0.096 0.095 0.052 0.124 0.116 0.090
  Level 2 0.010 0.023 0.036 0.068 0.065 0.032 0.081 0.075 0.061
  Level 3 0.011 0.018 0.035 0.070 0.070 0.034 0.087 0.084 0.058
Mean 0.019 0.031 0.040 0.061 0.071 0.033 0.070 0.064 0.054
p -value .00195 .00195 .00195 .00977 1.0 .00195   .00586 .00195
CLR  
S1 Level 1 0.116 0.138 0.136 0.051 0.134 0.130 0.137 0.135 0.136
  Level 2 0.122 0.140 0.138 0.051 0.135 0.132 0.138 0.137 0.136
  Level 3 0.123 0.131 0.133 0.049 0.135 0.131 0.138 0.137 0.136
S2 Level 1 0.034 0.042 0.043 0.024 0.042 0.040 0.043 0.042 0.042
  Level 2 0.032 0.042 0.043 0.025 0.041 0.039 0.043 0.042 0.042
  Level 3 0.035 0.041 0.042 0.024 0.042 0.039 0.043 0.043 0.042
G1 Level 1 0.062 0.136 0.147 0.047 0.129 0.112 0.147 0.138 0.145
  Level 2 0.067 0.135 0.145 0.046 0.126 0.106 0.142 0.126 0.138
  Level 3 0.065 0.111 0.132 0.046 0.119 0.104 0.135 0.124 0.134
G2 Level 1 0.042 0.081 0.095 0.026 0.090 0.078 0.105 0.100 0.104
  Level 2 0.041 0.078 0.091 0.026 0.083 0.072 0.097 0.095 0.095
  Level 3 0.042 0.066 0.084 0.026 0.081 0.069 0.094 0.091 0.093
Mean 0.065 0.095 0.102 0.037 0.096 0.088 0.105 0.101 0.103
p -value .00195 .00195 .06446 .00195 .00195 .00195   .00195 .00195