Skip to main content

Table 2 Area under PR-Curves (the higher the better) for 9 methods on 4 datasets with 3 levels of increasing data-distortion

From: Study of Meta-analysis strategies for network inference using information-theoretic approaches

MRNET

D1

D2

D3

N1

N2

N3

M1

M2

M3

S1

Level 1

0.082

0.116

0.107

0.052

0.138

0.124

0.141

0.137

0.121

 

Level 2

0.078

0.110

0.101

0.051

0.119

0.116

0.120

0.117

0.102

 

Level 3

0.088

0.099

0.096

0.050

0.116

0.114

0.120

0.112

0.105

S2

Level 1

0.013

0.016

0.016

0.023

0.034

0.026

0.046

0.043

0.026

 

Level 2

0.013

0.016

0.016

0.024

0.023

0.021

0.026

0.025

0.019

 

Level 3

0.014

0.016

0.016

0.024

0.024

0.021

0.027

0.025

0.020

G1

Level 1

0.051

0.099

0.122

0.051

0.125

0.129

0.156

0.142

0.131

 

Level 2

0.037

0.087

0.108

0.049

0.108

0.115

0.138

0.122

0.116

 

Level 3

0.039

0.077

0.101

0.048

0.104

0.113

0.133

0.115

0.111

G2

Level 1

0.028

0.050

0.073

0.029

0.106

0.097

0.131

0.126

0.097

 

Level 2

0.023

0.046

0.066

0.028

0.089

0.084

0.116

0.111

0.085

 

Level 3

0.029

0.044

0.066

0.028

0.088

0.085

0.113

0.111

0.087

Mean

0.041

0.065

0.074

0.038

0.090

0.087

0.106

0.099

0.085

p -value

.00195

.00195

.00195

.00195

.00195

.00195

 

.00195

.00195

ARACNE

 

S1

Level 1

0.032

0.043

0.042

0.045

0.101

0.030

0.063

0.055

0.051

 

Level 2

0.034

0.042

0.040

0.036

0.080

0.022

0.045

0.046

0.039

 

Level 3

0.038

0.039

0.038

0.038

0.083

0.023

0.049

0.049

0.047

S2

Level 1

0.005

0.005

0.006

0.017

0.020

0.006

0.025

0.022

0.013

 

Level 2

0.005

0.005

0.005

0.015

0.015

0.005

0.014

0.013

0.009

 

Level 3

0.005

0.005

0.005

0.015

0.015

0.005

0.013

0.012

0.008

G1

Level 1

0.030

0.061

0.083

0.126

0.119

0.075

0.131

0.116

0.102

 

Level 2

0.022

0.054

0.071

0.102

0.092

0.056

0.105

0.090

0.087

 

Level 3

0.025

0.047

0.068

0.105

0.096

0.058

0.109

0.096

0.086

G2

Level 1

0.013

0.028

0.048

0.096

0.095

0.052

0.124

0.116

0.090

 

Level 2

0.010

0.023

0.036

0.068

0.065

0.032

0.081

0.075

0.061

 

Level 3

0.011

0.018

0.035

0.070

0.070

0.034

0.087

0.084

0.058

Mean

0.019

0.031

0.040

0.061

0.071

0.033

0.070

0.064

0.054

p -value

.00195

.00195

.00195

.00977

1.0

.00195

 

.00586

.00195

CLR

 

S1

Level 1

0.116

0.138

0.136

0.051

0.134

0.130

0.137

0.135

0.136

 

Level 2

0.122

0.140

0.138

0.051

0.135

0.132

0.138

0.137

0.136

 

Level 3

0.123

0.131

0.133

0.049

0.135

0.131

0.138

0.137

0.136

S2

Level 1

0.034

0.042

0.043

0.024

0.042

0.040

0.043

0.042

0.042

 

Level 2

0.032

0.042

0.043

0.025

0.041

0.039

0.043

0.042

0.042

 

Level 3

0.035

0.041

0.042

0.024

0.042

0.039

0.043

0.043

0.042

G1

Level 1

0.062

0.136

0.147

0.047

0.129

0.112

0.147

0.138

0.145

 

Level 2

0.067

0.135

0.145

0.046

0.126

0.106

0.142

0.126

0.138

 

Level 3

0.065

0.111

0.132

0.046

0.119

0.104

0.135

0.124

0.134

G2

Level 1

0.042

0.081

0.095

0.026

0.090

0.078

0.105

0.100

0.104

 

Level 2

0.041

0.078

0.091

0.026

0.083

0.072

0.097

0.095

0.095

 

Level 3

0.042

0.066

0.084

0.026

0.081

0.069

0.094

0.091

0.093

Mean

0.065

0.095

0.102

0.037

0.096

0.088

0.105

0.101

0.103

p -value

.00195

.00195

.06446

.00195

.00195

.00195

 

.00195

.00195