From: Detecting gene-gene interactions using a permutation-based random forest method
 |  | Interaction SNP Pair Detection Success Rate | |||
---|---|---|---|---|---|
 |  | Sample Size = 2000 | Sample Size = 4000 | ||
SNP Numbers | Heritability | Highest EDM | Lowest EDM | Highest EDM | Lowest EDM |
5 | 0.001 | 52 % | 7 % | 70 % | 16 % |
5 | 0.005 | 99 % | 28 % | 100 % | 43 % |
5 | 0.01 | 100 % | 34 % | 100 % | 68 % |
5 | 0.05 | 100 % | 100 % | 100 % | 100 % |
5 | 0.1 | 100 % | 100 % | 100 % | 100 % |
5 | 0.2 | 100 % | 100 % | 100 % | 100 % |
5 | 0.3 | 100 % | 100 % | 100 % | 100 % |
5 | 0.4 | 100 % | 100 % | 100 % | 100 % |
10 | 0.001 | 8 % | 3 % | 29 % | 1 % |
10 | 0.005 | 80 % | 4 % | 99 % | 13 % |
10 | 0.01 | 100 % | 8 % | 100 % | 43 % |
10 | 0.05 | 100 % | 98 % | 100 % | 100 % |
10 | 0.1 | 100 % | 100 % | 100 % | 100 % |
10 | 0.2 | 100 % | 100 % | 100 % | 100 % |
10 | 0.3 | 100 % | 100 % | 100 % | 100 % |
10 | 0.4 | 100 % | 100 % | 100 % | 100 % |
15 | 0.001 | 6 % | 0 % | 8 % | 0 % |
15 | 0.005 | 51 % | 2 % | 77 % | 6 % |
15 | 0.01 | 93 % | 4 % | 100 % | 12 % |
15 | 0.05 | 100 % | 92 % | 100 % | 100 % |
15 | 0.1 | 100 % | 100 % | 100 % | 100 % |
15 | 0.2 | 100 % | 100 % | 100 % | 100 % |
15 | 0.3 | 100 % | 100 % | 100 % | 100 % |
15 | 0.4 | 100 % | 100 % | 100 % | 100 % |
20 | 0.001 | 0 % | 0 % | 2 % | 1 % |
20 | 0.005 | 10 % | 2 % | 39 % | 3 % |
20 | 0.01 | 49 % | 0 % | 93 % | 12 % |
20 | 0.05 | 100 % | 70 % | 100 % | 98 % |
20 | 0.1 | 100 % | 100 % | 100 % | 100 % |
20 | 0.2 | 100 % | 100 % | 100 % | 100 % |
20 | 0.3 | 100 % | 100 % | 100 % | 100 % |
20 | 0.4 | 100 % | 100 % | 100 % | 100 % |
25 | 0.001 | 1 % | 0 % | 1 % | 0 % |
25 | 0.005 | 2 % | 0 % | 10 % | 1 % |
25 | 0.01 | 15 % | 1 % | 44 % | 2 % |
25 | 0.05 | 99 % | 30 % | 100 % | 87 % |
25 | 0.1 | 100 % | 87 % | 100 % | 100 % |
25 | 0.2 | 100 % | 99 % | 100 % | 100 % |
25 | 0.3 | 100 % | 100 % | 100 % | 100 % |
25 | 0.4 | 100 % | 100 % | 100 % | 100 % |