Skip to main content

Table 3 Type I error of six global tests of p-values when p-values are independent or strongly correlated (The nominal Type I error rate is 0.05 and the severe inflation of Type I error with simulated error rate > 0.1 is written in bold italic)

From: Global tests of P-values for multifactor dimensionality reduction models in selection of optimal number of target genes

Independent Uniform (0,1)

n

KS

Inverse chi

Inverse norm

Tippett

Wilcoxon

Logit

20

0.052

0.053

0.049

0.051

0.052

0.050

50

0.051

0.052

0.051

0.048

0.051

0.050

100

0.046

0.049

0.050

0.049

0.049

0.051

200

0.047

0.048

0.047

0.052

0.049

0.048

300

0.051

0.054

0.053

0.051

0.053

0.053

400

0.042

0.046

0.046

0.048

0.047

0.046

500

0.051

0.050

0.049

0.051

0.050

0.050

Correlated Uniform (0,1)

n

KS

Inverse chi

Inverse norm

Tippett

Wilcoxon

Logit

20

0.061

0.059

0.063

0.050

0.065

0.062

50

0.058

0.060

0.063

0.049

0.061

0.062

100

0.060

0.066

0.068

0.049

0.066

0.067

200

0.063

0.069

0.073

0.050

0.072

0.072

300

0.069

0.071

0.074

0.052

0.073

0.074

400

0.064

0.066

0.073

0.048

0.071

0.072

500

0.064

0.070

0.071

0.049

0.068

0.069

Correlated Uniform (0,1) ± 0.1Beta (5,1), ρ = 0.8

n

KS

Inverse chi

Inverse norm

Tippett

Wilcoxon

Logit

20

0.061

0.047

0.058

0.035

0.061

0.057

50

0.081

0.037

0.054

0.046

0.06

0.053

100

0.080

0.039

0.061

0.045

0.056

0.057

200

0.156

0.031

0.062

0.039

0.059

0.059

300

0.180

0.017

0.04

0.039

0.049

0.042

400

0.270

0.025

0.055

0.052

0.053

0.056

500

0.278

0.017

0.052

0.046

0.060

0.052

Correlated 0.5 Uniform (0,1) ± 0.5Beta (5,1), ρ = 0.8

n

KS

Inverse chi

Inverse norm

Tippett

Wilcoxon

Logit

20

0.239

0.007

0.009

0.035

0.013

0.009

50

0.652

0.002

0.022

0.025

0.02

0.022

100

0.911

0.001

0.018

0.023

0.018

0.019

200

0.998

0

0.021

0.034

0.025

0.021

300

1

0

0.029

0.033

0.039

0.027

400

1

0

0.027

0.024

0.034

0.023

500

1

0

0.031

0.024

0.036

0.025

Correlated 0.9 Uniform (0,1) ± 0.1Beta (6,3), ρ = 0.8

n

KS

Inverse chi

Inverse norm

Tippett

Wilcoxon

Logit

20

0.072

0.041

0.05

0.038

0.052

0.05

50

0.107

0.039

0.065

0.051

0.068

0.062

100

0.148

0.048

0.086

0.04

0.089

0.086

200

0.227

0.038

0.088

0.048

0.101

0.086

300

0.296

0.024

0.097

0.042

0.119

0.095

400

0.353

0.04

0.108

0.053

0.131

0.105

500

0.439

0.041

0.12

0.033

0.148

0.111

Correlated 0.5 Uniform (0,1) ± 0.5Beta (6,3), ρ = 0.8

n

KS

Inverse chi

Inverse norm

Tippett

Wilcoxon

Logit

20

0.421

0.01

0.038

0.025

0.063

0.029

50

0.837

0.008

0.089

0.019

0.147

0.071

100

0.989

0.008

0.16

0.024

0.253

0.122

200

1

0.001

0.268

0.023

0.411

0.207

300

1

0

0.392

0.022

0.581

0.32

400

1

0.004

0.492

0.031

0.679

0.422

500

1

0.003

0.551

0.024

0.761

0.486