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Table 3 Birdsuite Agreement with qPCR calls in 18 genomic regions

From: A comparison of genomic copy number calls by Partek Genomics Suite, Genotyping Console and Birdsuite algorithms to quantitative PCR

Region

0

1

2

3

2:242,648,367

0 (0)

1 (0)

36 (0)

0 (0)

3:53,010,599

1 (0)

2 (1)

30 (0)

0 (0)

3:180,366,781

0 (0)

0 (0)

16 (0)

0 (0)

7:11,288,419

0 (0)

0 (0)

26 (0)

0 (0)

7:24,002,710

0 (0)

0 (0)

16 (0)

0 (0)

7:133,441,893

2 (0)

14 (0)

6 (0)

0 (0)

8:51,195,001

1 (0)

11 (2)

13 (0)

0 (0)

8:144,776,429

1 (0)

5 (2)

10 (2)

0 (0)

9:16,930,899

0 (0)

0 (0)

16 (0)

0 (0)

13:53,784,055

0 (0)

0 (0)

18 (0)

0 (0)

13:56,713,547

0 (0)

0 (0)

13 (4)

0 (0)

13:71,376,533

7 (0)

12 (1)

1 (0)

0 (0)

15:32,555,299

0 (0)

3 (0)

16 (0)

0 (0)

16:3,104,307

0 (0)

0 (0)

18 (0)

0 (0)

16:4,280,826

0 (0)

0 (1)

15 (0)

0 (0)

16:18,557,305

0 (0)

0 (0)

26 (0)

0 (0)

20:29,271,114

0 (0)

0 (0)

8 (0)

0 (1)

22:47,400,722

0 (0)

0 (0)

29 (0)

0 (0)

  1. aValues are represented as the number of calls that "agree(disagree)"