TY - JOUR AU - Segal, E. AU - Yelensky, R. AU - Koller, D. PY - 2003 DA - 2003// TI - Genome-wide Discovery of Transcriptional Modules from DNA Sequence and Gene Expression JO - Bioinformatics VL - 19 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btg1038 DO - 10.1093/bioinformatics/btg1038 ID - Segal2003 ER - TY - JOUR AU - Middendorf, M. AU - Kundaje, A. AU - Wiggins, C. AU - Freund, Y. AU - Leslie, C. PY - 2004 DA - 2004// TI - Predicting Genetic Regulatory Response Using Classification JO - Bioinformatics VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bth923 DO - 10.1093/bioinformatics/bth923 ID - Middendorf2004 ER - TY - JOUR AU - Chen, K. C. AU - Wang, T. Y. AU - Tseng, H. H. AU - Huang, C. Y. F. AU - Kao, C. Y. PY - 2005 DA - 2005// TI - A stochastic differential equation model for quantifying transcriptional regulatory network in Saccharomyces cerevisiae JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti415 DO - 10.1093/bioinformatics/bti415 ID - Chen2005 ER - TY - JOUR AU - Stephen Yeung, M. K. AU - Tegnér, J. AU - Collins, J. J. PY - 2002 DA - 2002// TI - Reverse engineering gene networks using singular value decomposition and robust regression JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 99 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.092576199 DO - 10.1073/pnas.092576199 ID - Stephen Yeung2002 ER - TY - JOUR AU - Mootha, V. K. AU - Handschin, C. AU - Arlow, D. AU - Xie, X. AU - St Pierre, J. AU - Sihag, S. AU - Yang, W. AU - Altshuler, D. AU - Puigserver, P. AU - Patterson, N. AU - Willy, P. J. AU - Schulman, I. G. AU - Heyman, R. A. AU - Lander, E. S. AU - Spiegelman, B. M. PY - 2004 DA - 2004// TI - Erralpha and Gabpa/b specify PGC-1alpha-dependent oxidative phosphorylation gene expression that is altered in diabetic muscle JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 101 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0401401101 DO - 10.1073/pnas.0401401101 ID - Mootha2004 ER - TY - JOUR AU - Szustakowski, J. D. AU - Lee, J. AU - Marrese, C. A. AU - Kosinski, P. A. AU - Nirmala, N. R. AU - Kemp, D. M. PY - 2006 DA - 2006// TI - Identification of novel pathway regulation during myogenic differentiation JO - Genomics VL - 87 UR - https://doi.org/10.1016/j.ygeno.2005.08.009 DO - 10.1016/j.ygeno.2005.08.009 ID - Szustakowski2006 ER - TY - JOUR AU - Lluís, F. AU - Ballestar, E. AU - Suelves, M. AU - Esteller, M. AU - Muñoz-Cánoves, P. PY - 2005 DA - 2005// TI - E47 phosphorylation by p38 MAPK promotes MyoD/E47 association and muscle-specific gene transcription JO - EMBO J VL - 24 UR - https://doi.org/10.1038/sj.emboj.7600528 DO - 10.1038/sj.emboj.7600528 ID - Lluís2005 ER - TY - JOUR AU - Li, S. AU - Czubryt, M. P. AU - McAnally, J. AU - Bassel-Duby, R. AU - Richardson, J. A. AU - Wiebel, F. F. AU - Nordheim, A. AU - Olson, E. N. PY - 2005 DA - 2005// TI - Requirement for serum response factor for skeletal muscle growth and maturation revealed by tissue-specific gene deletion in mice JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 102 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0409103102 DO - 10.1073/pnas.0409103102 ID - Li2005 ER - TY - JOUR AU - Johnson, P. F. PY - 2005 DA - 2005// TI - Molecular stop signs: regulation of cell-cycle arrest by C/EBP transcription factors JO - J Cell Sci VL - 118 UR - https://doi.org/10.1242/jcs.02459 DO - 10.1242/jcs.02459 ID - Johnson2005 ER - TY - JOUR AU - Silva, J. L. AU - Giannocco, G. AU - Furuya, D. T. AU - Lima, G. A. AU - Moraes, P. A. AU - Nachef, S. AU - Bordin, S. AU - Britto, L. R. AU - Nunes, M. T. AU - Machado, U. F. PY - 2005 DA - 2005// TI - NF-kappaB, MEF2A, MEF2D and HIF1-a involvement on insulin- and contraction-induced regulation of GLUT4 gene expression in soleus muscle JO - Mol Cell Endocrinol VL - 240 UR - https://doi.org/10.1016/j.mce.2005.05.006 DO - 10.1016/j.mce.2005.05.006 ID - Silva2005 ER - TY - JOUR AU - Tabach, Y. AU - Milyavsky, M. AU - Shats, I. AU - Brosh, R. AU - Zuk, O. AU - Yitzhaky, A. AU - Mantovani, R. AU - Domany, E. AU - Rotter, V. AU - Pilpel, Y. PY - 2005 DA - 2005// TI - The promoters of human cell cycle genes integrate signals from two tumor suppressive pathways during cellular transformation JO - Mol Syst Biol VL - 1 UR - https://doi.org/10.1038/msb4100030 DO - 10.1038/msb4100030 ID - Tabach2005 ER - TY - JOUR AU - Wang, I. C. AU - Chen, Y. J. AU - Hughes, D. AU - Petrovic, V. AU - Major, M. L. AU - Park, H. J. AU - Tan, Y. AU - Ackerson, T. AU - Costa, R. H. PY - 2005 DA - 2005// TI - Forkhead box M1 regulates the transcriptional network of genes essential for mitotic progression and genes encoding the SCF (Skp2-Cks1) ubiquitin ligase JO - Mol Cell Biol VL - 25 UR - https://doi.org/10.1128/MCB.25.24.10875-10894.2005 DO - 10.1128/MCB.25.24.10875-10894.2005 ID - Wang2005 ER - TY - JOUR AU - Barre, B. AU - Perkins, N. D. PY - 2007 DA - 2007// TI - A cell cycle regulatory network controlling NF-kappaB subunit activity and function JO - EMBO J VL - 26 UR - https://doi.org/10.1038/sj.emboj.7601899 DO - 10.1038/sj.emboj.7601899 ID - Barre2007 ER - TY - JOUR AU - Curtis, R. K. AU - Oresic, M. AU - Vidal-Puig, A. PY - 2005 DA - 2005// TI - Pathways to the analysis of microarray data JO - Trends Biotechnol VL - 23 UR - https://doi.org/10.1016/j.tibtech.2005.05.011 DO - 10.1016/j.tibtech.2005.05.011 ID - Curtis2005 ER - TY - STD TI - Mouse C2C12 differentiation time course dataset. [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE11415] UR - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE11415 ID - ref15 ER - TY - JOUR AU - Matys, V. AU - Fricke, E. AU - Geffers, R. AU - Gößling, E. AU - Haubrock, M. AU - Hehl, R. AU - Hornischer, K. AU - Karas, D. AU - Kel, A. E. AU - Kel-Margoulis, O. V. AU - Kloos, D. U. AU - Land, S. AU - Lewicki-Potapov, B. AU - Michael, H. AU - Münch, R. AU - Reuter, I. AU - Rotert, S. AU - Saxel, H. AU - Scheer, M. AU - Thiele, S. AU - Wingender, E. PY - 2003 DA - 2003// TI - TRANSFAC: transcriptional regulation, from patterns to profiles JO - Nucleic Acids Res VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkg108 DO - 10.1093/nar/gkg108 ID - Matys2003 ER - TY - JOUR AU - Hertz, G. Z. AU - Stormo, G. D. PY - 1999 DA - 1999// TI - Identifying DNA and protein patterns with statistically significant alignments of multiple sequences JO - Bioinformatics VL - 15 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/15.7.563 DO - 10.1093/bioinformatics/15.7.563 ID - Hertz1999 ER - TY - JOUR AU - Ekins, S. AU - Nikolsky, Y. AU - Bugrim, A. AU - Kirillov, E. AU - Nikolskaya, T. PY - 2007 DA - 2007// TI - Pathway mapping tools for analysis of high content data JO - Methods Mol Biol VL - 356 ID - Ekins2007 ER - TY - JOUR AU - Irizarry, R. A. AU - Wu, J. Z. AU - Jaffee, H. A. PY - 2007 DA - 2007// TI - Comparison of Affymetrix GeneChip expression measures JO - Bioinformatics VL - 22 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btk046 DO - 10.1093/bioinformatics/btk046 ID - Irizarry2007 ER - TY - JOUR AU - Smyth, G. K. PY - 2004 DA - 2004// TI - Linear Models and Empirical Bayes Methods for Assessing Differential Expression in Microarray Experiments JO - Statistical Applications in Genetics and Molecular Biology VL - 3 UR - https://doi.org/10.2202/1544-6115.1027 DO - 10.2202/1544-6115.1027 ID - Smyth2004 ER - TY - JOUR AU - Gentleman, R. C. AU - Carey, V. J. AU - Bates, D. M. AU - Bolstad, B. AU - Dettling, M. AU - Dudoit, S. AU - Ellis, B. AU - Gautier, L. AU - Ge, Y. AU - Gentry, J. AU - Hornik, K. AU - Hothorn, T. AU - Huber, W. AU - Iacus, S. AU - Irizarry, R. AU - Leisch, F. AU - Li, C. AU - Maechler, M. AU - Rossini, A. J. AU - Sawitzki, G. AU - Smith, C. AU - Smyth, G. AU - Tierney, L. AU - Yang, J. Y. AU - Zhang, J. PY - 2004 DA - 2004// TI - Bioconductor: open software development for computational biology and bioinformatics JO - Genome Biol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2004-5-10-r80 DO - 10.1186/gb-2004-5-10-r80 ID - Gentleman2004 ER - TY - JOUR AU - Saxena, V. AU - Orgill, D. AU - Kohane, I. PY - 2006 DA - 2006// TI - Absolute enrichment: gene set enrichment analysis for homeostatic systems JO - Nucleic Acids Res VL - 34 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkl766 DO - 10.1093/nar/gkl766 ID - Saxena2006 ER - TY - JOUR AU - Nutt, S. L. AU - Kee, B. L. PY - 2007 DA - 2007// TI - The transcriptional regulation of B cell lineage commitment JO - Immunity VL - 26 UR - https://doi.org/10.1016/j.immuni.2007.05.010 DO - 10.1016/j.immuni.2007.05.010 ID - Nutt2007 ER - TY - JOUR AU - Storey, J. D. AU - Tibshirani, R. PY - 2003 DA - 2003// TI - Statistical significance for genomewide studies JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 100 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1530509100 DO - 10.1073/pnas.1530509100 ID - Storey2003 ER -